Het Nieuwe Instituut ontleent zijn bijzondere positie in belangrijke mate aan de omvang en vooral de unieke betekenis van het Rijksarchief voor Architectuur en Stedenbouw dat het beheert. De collectie, die door nieuwe acquisities nog altijd groeit, heeft een centrale plaats in het onderzoeks- en tentoonstellingsprogramma. Daarmee raakt het archief steeds natuurlijker verbonden met twee andere rollen die Het Nieuwe Instituut onderscheidt: die van het Museum voor Architectuur, Design en digitale cultuur en de centrale rol van Research & Development in de inhoudelijke ontwikkeling van het instituut. De collectie heeft in 2016 als gevolg van de introductie van de erfgoedwet tevens de erfgoedstatus gekregen. Hiermee wordt de nationale betekenis van de collectie nogmaals bevestigd en de collectie ook structureel gefinancierd. De collectie blijkt niet alleen van betekenis wanneer er historische onderwerpen worden geadresseerd, maar meer en meer vormt collectiemateriaal ook een speculatieve bron van 150 jaar vooruitgangsdenken.

Naast het belang voor de eigen activiteiten en het onderzoek van experts en fellows binnen het instituut, is het Rijksarchief natuurlijk ook een bron voor partijen buiten de organisatie: onderzoekers, tentoonstellingsmakers, studenten en publicisten voor wie de honderden archieven met omstreeks 4,5 miljoen documenten onmisbaar materiaal leveren. Ook de activiteiten van het Agentschap voor Architectuur, Design en Digitale cultuur, waarbinnen Het Nieuwe Instituut een aantal adviestaken ten aanzien van de creatieve industrie heeft gebundeld, profiteren van de beschikbaarheid van de omvangrijke collectie.

Een belangrijk vraagstuk bij het beheer en de ontsluiting van het Rijksarchief is dat van de digitalisering. Binnen de context van Het Nieuwe Instituut, dat zich immers ook bezig houdt met digitale cultuur, ligt het voor de hand om niet alleen te kijken naar digitalisering van de collectie. Als cultuur-producerende instelling wil het instituut digitalisering ook inzetten om nieuwe betekenissen te creëren.

Archieven

Het Nieuwe Instituut beheert ongeveer 700 archieven en verzamelingen van Nederlandse architecten, stedenbouwkundigen, beroepsverenigingen en opleidingen met in totaal 4.000.000 documenten. De collectie is na die van Naturalis de grootste  van Nederland en behoort ook wereldwijd tot de grootste collecties op het terrein van de architectuur. Naast museale tekeningen bevatten deze archieven schetsen en voorontwerpen, werktekeningen, zakelijke en persoonlijke correspondentie, foto's, maquettes, affiches en verzamelde knipsels en tijdschriftartikelen. Aan de hand van de archieven van de belangrijkste architecten en stedenbouwers biedt de collectie inzicht in 130 jaar ontwikkeling van de Nederlandse architectuur en stedenbouw. De uniciteit van veel archieven, hun artistieke kwaliteit en de meerwaarde die het totaal van de verzameling oplevert, verleent de collectie van Het Nieuwe Instituut een grote cultuurhistorische betekenis. Het archief van zogenoemd 'born digital' materiaal is sterk groeiende en kent inmiddels 60.000 files. In het verlengde hiervan heeft het instituut de afgelopen tijd veel tijd en middelen geinvesteerd in het digitaliseringsvraagstuk, dat onder meer heeft geleid tot een nieuw zoekportaal. Het zoekportaal biedt toegang tot het grootste digitale architectuurarchief en bevat 140.000 beelden.

Midden 19de eeuw, tegelijk met de oprichting van de vakvereniging Maatschappij tot Bevordering der Bouwkunst, krijgt de opleiding tot architect in de moderne zin gestalte. Vanaf dat moment worden ook architectenarchieven gevormd. De archieven van het bureau van P.J.H. Cuypers en zijn zoon J.Th. Cuypers behoren tot de belangrijke collectiestukken uit de19de eeuw. Het zwaartepunt van de verzameling ligt bij de periode 1900-1940 met archieven van onder andere H.P. Berlage, K.P.C. de Bazel, W. Kromhout, M. de Klerk, J.J.P. Oud, W.M. Dudok, J. Duiker, J.A. Brinkman en L.C. van der Vlugt, T. van Doesburg, H. Th. Wijdeveld, G. Th. Rietveld en C. van Eesteren. Het Nieuwe Bouwen vormt daarin een speerpunt. De wederopbouwperiode (1940-1965) is goed gedocumenteerd met de archieven van J.H. van den Broek en J.B. Bakema, H. Maaskant en W. Wissing. Van recenter datum zijn onder meer de archieven van Herman Hertzberger, Sjoerd Soeters en Albers en Van Huut.

​Ook de archieven van instellingen en opleidingen op het gebied van de bouwkunst vormen een belangrijk deel van de collectie, zoals de Maatschappij tot bevordering der bouwkunst, Bond van Nederlandse Architecten (BNA), NIROV en de Academie van Bouwkunst Amsterdam. Dat geldt ook voor de resultaten van belangwekkende prijsvragen en tentoonstellingen. Voorbeelden hiervan zijn de prijsvragen voor het Amsterdamse raadhuis uit 1936 en 1967, de prijsvraag voor de Beurs in Rotterdam, een tentoonstelling als Nederland bouwt in Baksteen (1941) en de fotopanelen van de Tentoonstellingsraad (1925-1935).

Bibliotheek

Het Nieuwe Instituut verzamelt en beheert publicaties over Nederlandse en buitenlandse architectuur, stedenbouw en verwante onderwerpen zoals huisvesting, ruimtelijke ordening, landschapsarchitectuur en interieurarchitectuur. De bouwkunst van de moderne tijd (vanaf de 19de eeuw) vormt het zwaartepunt van de collectie. Naast architectuur en stedenbouw verzamelt Het Nieuwe Instituut ook informatie over kunst, fotografie, vormgeving en maatschappelijke trends als globalisering, het gebruik van nieuwe media, de netwerkmaatschappij en amusementsindustrie. Daarmee wil Het Nieuwe Instituut in een breed perspectief de ontwikkelingen volgen die van invloed zijn op de inrichting van de ruimte om ons heen.

De collectie bestaat uit ongeveer 65.000 boeken en brochures en 1.300 tijdschrifttitels uit binnen- en buitenland, waarvan 40 lopende abonnementen. De collectie audiovisueel materiaal bevat ca. 550 videobanden, dvd's, cd's en cassettebandjes. De knipselverzameling bevat artikelen en nieuwsberichten uit de belangrijkste Nederlandse dag- en weekbladen en is recent voor intern gebruik gedigitaliseerd. Opgebouwd vanaf eind jaren zestig, bevat de collectie knipsels over honderden onderwerpen, personen en plaatsen. Het Nieuwe Instituut beschikt bovendien over een mooie collectie zeldzame boeken en tijdschriften uit de periode 1920-1940, en folianten uit de 18de, 19de en 20ste eeuw. De collectie groeit jaarlijks met ongeveer 20 meter; niet alleen door aankopen bij boekhandels en antiquariaten, maar ook door schenkingen van instellingen en particulieren, en door de verwerving van boekerijen die deel uitmaken van de nalatenschappen van Nederlandse architecten. Publicaties zijn ter inzage beschikbaar, maar worden niet uitgeleend.