Het Nieuwe Instituut beheert 580 archieven en verzamelingen van Nederlandse stedenbouwkundigen en architecten als P.J.H. Cuypers, H.P. Berlage. J.J.P. Oud, G. Rietveld, Van den Broek en Bakema, H. Hertzberger, P. Blom, OMA en MVRDV. De collectie ontleent zijn grote cultuurhistorische waarde niet alleen aan de uniciteit of artistieke kwaliteit van de afzonderlijke archieven, maar ook aan het totaal van de verzameling die 130 jaar ontwikkeling van de Nederlandse architectuur en stedenbouw in beeld brengt. Naast museale tekeningen, foto’s en maquettes bevatten de archieven schetsen, werktekeningen, correspondentie, affiches en overige documentatie.

De collectie is de kern van uiteenlopende activiteiten in Het Nieuwe Instituut. Van meet af aan is het de bron van waaruit het instituut actuele vraagstukken in architectuur, design en e-cultuur aan de orde stelt. Zo resulteerde het meerjarige onderzoek naar Nederlands structuralisme – uitgevoerd binnen het Jaap Bakema Study Centre – tot de tentoonstelling en debatreeks Structuralisme – een installatie in vier bedrijven (2014). Het werk van Jaap Bakema stond dat jaar centraal in de Nederlandse inzending voor de Biënnale van Venetië. Onderzoek in de archieven vormde tevens de grondslag voor tentoonstellingen als Designing Scarcity (2014) en Wat is Nederland (2015).